Son dos lesiones completamente diferentes que se confunden con frecuencia. Intentaré explicar las diferencias de manera sencilla.
Quiste sebáceo 
1. También llamado quiste de grasa, aunque en realidad se debería llamar quiste epidérmico.
2. Está formado por una cápsula que produce queratina. La queratina es la sustancia que dependiendo de lo compactada que esté, forma la capa más superficial de la piel, los pelos y las uñas. La piel continuamente elimina escamas microscópicas de queratina (solo las vemos cuando se acumulan por algún problema como piel muy seca o eccemas). En realidad un quiste sebáceo es como un trozo de piel enterrado con forma esférica, que acumula queratina en su interior. Está producción lenta pero contínua de queratina es lo que hace que crezcan.
3. Normalmente, se comunican con el exterior a través de un poro. Esto permite que microorganismos entren en su interior y lo infecten.
4. Son bastante duros al tacto.
5. El tratamiento del quiste depende de si está infectado o no. Si no hay infección, el tratamiento consiste en la resección quirúrgica del quiste incluyendo toda la cápsula, ya que con solo dejar un trozito de esta, el quiste se volvería a formar. Si está infectado debemos hacer un pequeño corte para drenar la queratina purulenta, y tomar antibiótico durante unos días. Posteriormente, debemos esperar 1-2 meses para que la inflamación desaparezca, y entonces ya se puede tratar como un quiste no infectado.
Lipoma
1. Es un tumor benigno de las células donde se almacena la grasa en nuestro organismo.
2. A diferencia de quiste epidérmico, es un tumor sólido. Toda su estructura es igual, no tiene cápsula.
3. No se infecta porque no se comunica con el exterior a través de un poro.
4. Tienen una consistencia blanda y gomosa.
5. Su tratamiento consiste en la resección quirúrgica. En mi opinión, los tratamientos basados en la aspiración del quiste mediante liposucción, lo único que consiguen es reducir su tamaño sin eliminarlo por completo, y por lo tanto podrá volver a salir.